Definicja punktów wysokościowych pozwala określać wysokość okolicy, działek oraz podobszarów. Poziom zero w różnych projektach może być inny. Najczęściej jest to poziom podłogi kondygnacji parteru. Jeżeli istnieje potrzeba zobrazowania stoku, można poziom zero przeciągnąć na pierwszą kondygnację.
Wprowadzanie punktów wysokościowych odbywa się poprzez okno dialogowe Punkty wysokościowe, określając wysokość bezwzględną (względem poziomu zero) lub wysokość względem aktualnej kondygnacji. ArCon dba o to, by odpowiednio interpolować punkty, dla których nie określono wysokości, tzn. wygładzić powierzchnię terenu. Po wprowadzeniu nowego punktu wysokościowego ArCon automatycznie oblicza wysokość wszystkich pozostałych punktów terenu.